Pendant plus de deux siècles, il y eut à Noisy deux sanctuaires.
L’église primitive, datant sans doute du XIe siècle et que l’on disait « l’une des plus belles de la région », fut en effet confisquée par Albert de Gondi pour en faire la chapelle de son château, desservie par les moines, Minimes puis Cordeliers, installés dans un couvent adjacent.
Devant le refus des fidèles de voir leur paroisse rattachée à Bailly, Gondi se résolut à construire un bâtiment des plus modestes, « une espèce d’oratoire qui ressemblait plus à une grange qu’à une chapelle… ».
En 1789, la municipalité tenta en vain de récupérer la chapelle, finalement démolie comme le couvent dont il ne reste qu’une grande demeure connue sous le nom de « Charmilles des Cordeliers ».
Au fil du temps, la modeste église paroissiale s’est embellie puis agrandie pour répondre à l’essor de la population.